Sanger sequencing

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일반문의

Viral genome sequencing

Viral genome 분석 서비스는 overlapping fragment amplification & direct sanger sequencing 방식으로 진행됩니다. 대부분의 바이러스는 변이가 심하기 때문에 일차적으로 genbank에 등록되어 있는 reference genome 염기서열을 분석한 후 degenerative primer를 디자인합니다. 디자인된 primer는 cDNA 합성 (RNA 바이러스) 및 partial overlap fragment (1~1.3 kb) 증폭에 사용되고, 증폭된 DNA를 sequencing한 후 최종적으로 genome 전체서열로 assembly합니다.

서비스 내용

  • Viral DNA/RNA extraction (nonpathogenic only)
  • Degenerative primer design
  • Full or targeted sequencing
  • End sequencing (5'RACE or 3'RACE)
  • Genome ORF annotation
  • Phylogenetic analysis
  • Easy-to-understand report 제공

활용 분야

Virus identification and classification

샘플 내 바이러스의 정체를 확인하고, 계통 및 분류군을 판별하는 분석에 활용됩니다.

Virus mutation detection

기존 reference 대비 염기서열 변이 여부를 확인하고, 샘플 간 mutation 비교에 활용됩니다.

Viral genome characterization

유전체 구조, ORF, 말단 서열 등 viral genome의 특성을 종합적으로 파악하는 데 활용됩니다.

Workflow

STEP 1
  • Reference
    genome 분석
  • Degenerative
    primer 디자인
STEP 2

Viral DNA/RNA extraction

STEP 3
  • cDNA 합성
  • PCR
  • RACE (5′ or 3′)
STEP 4
  • Direct Sequencing
  • Gap closing
STEP 5

Sequence assembly